La gouvernance de l'AER Bourgogne-Franche-Comté se renforce avec la souscription au capital de 19 nouveaux EPCI (Etablissements Publics de Coopération Intercommunale). Ils seront donc 73 à siéger. De cette assemblée, 7 seront désignés pour siéger au conseil d’administration. Le Conseil Régional de Bourgogne-Franche-Comté reste majoritaire. L'AER Bourgogne-Franche-Comté, qui compte 47 salariés, est dirigée par Martine ABRAHAMSE-PLEUX et présidée par Jean-Claude LAGRANGE.
Les nouvelles communautés de communes : Auxonne Pontailler Val de Saône, Pays Arnay Liernais, Mirebellois et Fontenois, Forêt, Seine et Suzon, Tille et Venelle, Dijon Métropole, Bazois Loire Morvan, Haut Nivernais-Val d'Yonne, Loire et Allier, Pays de Luxeuil, Pays Riolais, Entre Arroux, Loire et Somme, Vanne et du Pays d'Othe, Agglomération Migennoise, Aillantais, Gâtinais en Bourgogne, Serein, Yonne Nord, Vosges du Sud.
