Nés en 2004, les pôles de compétitivité avaient pour objet de développer la croissance et l'emploi sur les marchés porteurs en favorisant la capacité d'innovation. Selons les critères gouvernemantaux, "un pôle de compétitivité rassemble sur un territoire bien identifié et sur une thématique ciblée, des entreprises, petites et grandes, des laboratoires de recherche et des établissements de formation."
Avec la reconduction début juillet du Pôle des microtechniques (le siège est à Besançon), la région Bourgogne-Franche-Comté compte 2 pôles de compétitivités labellisés :
- PMT
- Nuclear Valley dont le siège est à Chalon-sur-Saône
